Nicht jede Biogasanlage stellt Biogas aus Energiepflanzen her. Manche Anlagen verarbeiten auch Substrate wie Gülle, Klärschlamm oder andere „Abfallprodukte“. Im Unterschied zu pflanzlichen Energieträgern dürfen diese allerdings nicht „einfach so“ genutzt werden, da sie der Hygieneverordnung EG 1774/2002 bzw. der EG 1069/2009 unterliegen. Damit ist für bestimmte Substrate eine Hygienisierung in der Biogasanlage vorgeschrieben.